Романтические представления перестройки, вызвавшие к жизни идею демократического обновления, из политической и культурной плоскости весьма быстро перекочевали в сферу науки и образования. В 1987 году в Москве был открыт Американский университет. Под покровительством мэра столицы Г. Х. Попова и бывшего министра высшего образования СССР Г. А. Ягодина в 1991–1992 годах на «руинах» высшей партийной школы были воздвигнуты Российский государственный гуманитарный университет и первое негосударственное учебное заведение – Международный университет.

На подобные начинания реагировали и представители политической и культурной элиты Санкт-Петербурга. Запуска в работу подобного проекта не пришлось долго ждать. Уже в конце 1991 года А. А. Собчак на совещании с ректором СПбГУ С. П. Меркурьевым, академиком А. А. Фурсенко и писателем Д. А. Граниным поднял вопрос о целесообразности создания нового образовательного проекта. На должность главы Оргкомитета был предложен директор Санкт-Петербургского отделения Института социологии РАН – Б. М. Фирсов. Процитируем воспоминания другого «капитана»:

 Идея, действительно, как ни смешно, принадлежит Анатолию Александровичу. Но что значит – идея? Я не помню точную дату, это был январь 1992 года, когда Фирсов позвонил мне и сказал несколько удивленным, даже растерянным голосом: «Знаешь, мне вчера позвонил Собчак и сказал, что он хочет в Петербурге ещё один университет открыть, и чтобы это удалось, ему рекомендовали обратиться ко мне». Ну, это, конечно, комплимент незаслуженный, – добавил скромный Борис Максимович, хотя комплимент абсолютно заслуженный. Хочешь, чтобы дело было сделано и не осталось на уровне говорильни, обратись к Фирсову – видимо, так было сказано Собчаку. А идейный вклад Анатолия Александровича в этот проект, я полагаю, исчерпывается лишь публично выраженным желанием открыть в Петербурге альтернативный университет. [Воспоминание Н. Б. Вахтина // Выжутович В. Борис Фирсов. Путь от Варшавского вокзала М.: Молодая гвардия, 2021. С. 258].

 Так или иначе, на протяжении 1990-х мэрия и, особенно, Комитет по управлению городским имуществом были вовлечены в дела Европейского. Документы из этого раздела выставки свидетельствуют о том, что городские власти имели своё видение того, каким должен быть университет, как его стоило лучше юридически оформить, какие формулировки должны использоваться в Уставе, а также, безусловно, как и на что должны распределяться денежные средства, выделенные из местного бюджета.

Ранее Вахтин также отмечал, что после поражения Собчака на выборах в мэры 1996 года, вовлеченность городских властей постепенно начала угасать:

Пока был Собчак – поддержка была очень сильной. Потом, когда он ушел, осталось несколько человек. Ну, например, так называемый Яковлев-маленький – Владимир Петрович Яковлев, бывший… я забыл, как называется, в том числе, его пост. Был раньше комитет по культуре <…> Он очень помогал. Потом… Кудрин был тогда же у нас здесь начальником. И еще, так сказать, помня заветы Собчака Кудрин нам тоже очень помогал. И-и… Кажется, собирается продолжать [Н. Б. стучит по дереву, что вызывает общий смех] в гораздо более серьезном качестве. Поэтому, вот этот хвост… как бы… благожелательного отношения городских властей, он тянулся, так, постепенно «сходя на нет». <…> [Это] чувствуется. Ну, например, простая вещь… Да? В городском бюджете записано: «деньги на аренду здания для Европейского университета». Записано в 1996 году. Они исправно платят нам указанные выше столько-то там рублей. Но… Дело в том, что они, вот как до дефолта платили столько-то, так после дефолта [смех] столько же рублей и платят [Интервью с Н. Б. Вахтиным в рамках проекта «Юбилей» (17.12.2002) // ОА ЕУСПб. Ф. 1. Оп. 8. Ед. хр. 2. Д. 2].

 «Яковлев-маленький» много внимания уделял Европейскому. В первом Вестнике университета на передовицу вынесена его реплика, в которой объяснялась значимость для городских властей идеи создания ЕУСПб:

 Слово – председателю Комитета по культуре мэрии Владимиру Петровичу ЯКОВЛЕВУ:

«Санкт-Петербург издавна был связующим звеном между Россией и остальным миром, «окном в Европу». И Европейский университет может помочь нашему городу вернуть себе былую славу гуманитарной столицы России. Конечно, создание такого университета – это работа на многие годы, но и цель поставлена чрезвычайно серьезная.

Каждое цивилизованное государство стремится сегодня не просто пополнять научные кадры профессионалами, а привлекает для работы людей талантливых, одержимых. Мне бы хотелось, чтобы одной из целей ЕУСПб стала подготовка ученых-лидеров, которым предстоит жить и творить в XXI веке. Поэтому важно обеспечить условия для развития творчества и научного поиска и преподавателей, и студентов университета. Это позволит организовать академическую подготовку по общественным дисциплинам, ориентированную на мировые научно-образовательные стандарты» [В добрый путь! // Вестник ЕУСПб. №1. Сентябрь – Ноябрь. 1995. С. 1].