Объединение лучшего вместе – центральная тема истории Европейского университета. Особенно отчетливо этот тезис прослеживается в интеграции лучших научно-образовательных кадров города и страны в дела ЕУ уже на этапе становления. Санкт-Петербургский институт истории РАН дал фундамент для реализации исторических программ; сотрудники Эрмитажа стали сооснователями факультета истории искусств; а Санкт-Петербургский филиал Института социологии РАН и Санкт-Петербургский Экономико-математический институт РАН вместе с Санкт-Петербургским Союзом ученых выступили в качестве учредителей ЕУ. Максимально высокую степень вовлеченности городских академических организаций особенно отметил ректор-организатор в день открытия Академической программы ЕУСПб – 16 сентября 1996 года:

Идея университета была с одобрением встречена учеными города – научными сотрудниками РАН и преподавателями вузов. Аспирантскую программу и программу Открытых аспирантских курсов будут вести двадцать пять докторов наук (среди них три члена Российской академии наук), около 30 кандидатов наук. Четверть этого количества – штатные преподаватели, связавшие с университетом свою научную судьбу и продвижение. Их решение продолжить профессиональную карьеру в новых условиях, в середине жизненного пути и к тому же с немалой долей риска, не было легким. Впрочем, без преподавательской веры в успех университет не возникнет [Фирсов Б. М. День Определившейся Судьбы // Связь времен. Девять сюжетов о прошлом, настоящем и будущем. СПб.: Европейский Дом, 1997. С. 82].

С институтами «нового типа» (то есть, негосударственными) члены Оргкомитета Европейского также активно обменивались опытом. Например, ещё весной 1992 года Б. М. Фирсов, Н. Б. Вахтин и Л. С. Клейн нанесли визит в новое образовательное учреждение – Международный университет в Москве. Их в первую очередь интересовало устройство аспирантских программ на коммерческой основе. О другом подобном примере можно узнать подробнее в разделе «документы». Речь о МВШСН (Шанинке), основание которой происходило в столице параллельно с работой Оргкомитета ЕУСПб. Основатель МВШСН Т. Шанин называл Европейский не иначе как «собратом» и подчеркивал свои надежды на то, что «добрые чувства, испытываемые моими коллегами и мной по отношению к Вашей инициативе <…> выльются в практическую кооперацию наших учреждений» [см.: Письмо Б. М. Фирсову от Т. Шанина // ОА ЕУСПб. Ф. 43 Оп. 1 Ед.хр. 1 Д. 30].

Были примеры налаживания связей не только с классическими институтами и учреждениями нового типа, но и с государственными академическими структурами, ставшими ответом на требование обновления сферы образования после распада СССР. В начале 2000-х, например, Европейский стал прочно сотрудничать Высшей школой экономики (ВШЭ), созданной немногим раньше самого ЕУ (в 1992 году). «Вышка» (в те годы в Москве только начинали так неформально называть университет) нуждалась в опытном партнере, чтобы сделать филиал в Санкт-Петербурге, открытый в 1998 году, привлекательным для абитуриентов. Л. Я. Лурье в 2002 году даже преждевременно писал о планируемом скором слиянии (во всяком случае по направлению подготовки социологов и политологов):

 Именно Европейский университет, изысканный цветок, взросший на нашей кембрийской глине, был выбран остромодным московским вузом в качестве партнера. <…> Вышка покупает имена и репутацию. Московский инвестор даст свои деньги, связи, лоббистские возможности. Петербуржцы обеспечат изысканность, раздумчивость, высокий местный рейтинг. Оба учебных заведения обеспечивают прозрачное поступление <…> Для образовательной сферы намечаемое слияние (а факультетом социологии оно, видимо, не ограничится) означает то же, что для телекоммуникаций – приход МТС. Конкуренция обостряется. Для Петербурга честный и престижный новый вуз – нужная институция. Амбиции велики: новое учебное заведение, организованное обеими столицами, намерено в будущем стать главным конкурентом Московского и Петербургского университетов [Лурье Л. Брак по расчету обещает быть удачным // Коммерсант. 26 июня. 2002].