В 1988 году Алексеев ушел с работы на «Ленполиграфмаше». На волне его перестроечной реабилитации внимание общественности было обращено в его сторону. Это тяготило Андрея Николаевича по причине того, что появилось завышенное ожидание выхода монографии, в которой были бы описаны «приключения социолога-наладчика». Но обработка материалов и написание книги всё никак не давались, что провоцировало творческий кризис, выразившийся, в том числе, в ухудшении самочувствия Алексеева:

«Беспокоиться за мое сердце не надо, поскольку наступивший упадок сил был связан не с острым остеохондрозом, которого нет разве что у младенцев. Во всяком случае я сейчас – во вполне удовлетворительном порядке. Кризис-то был, но скорее психический, преодоленный за месяц пребывания в больничном монастыре, из которого я звонил по телефону, и сам был мало доступен. Были условия для подведения промежуточных жизненных итогов и выработки новых парадигм. Как-нибудь при встрече объясню, что со  мной происходило» [Из письма А. Н. Алексеева Л. И. Графовой [29 июля 1989 года] // Ф. Л-19. Оп. 14. Ед. хр. 3. Д. 10].

«Подведение промежуточных жизненных итогов» было сопряжено с кризисом профессиональной идентичности Алексеева, вызванной невозможностью подобраться к подготовке рукописи. Но реабилитация и общественный интерес к социологу не только тяготили его, но и давали почву для пересборки собственной идентичности, поскольку отрывали ему путь в мир открытой политической борьбы. Например, ещё в 1987 году Алексеев стал одним из организаторов известного межпрофессионального клуба «Перестройка», члены которого выступали за радикальные перемены в социалистическом обществе.

Несколько позднее в Ленинграде был создан «Ленинградский народный фронт» (ЛНФ) – самое массовое общественно-политическое движение города в те годы, инициатором которого стали представители клуба «Перестройка», организации «За народный фронт» и др. Алексеев был активным участником организации. Участвовал в избирательной кампании Ю. Ю. Болдырева в качестве доверенного лица, а в 1989 году даже был выдвинут кандидатом в народные депутаты собранием трудового коллектива киностудии «Леннаучфильм». Причем для Алексеева было особенно важно подчеркивать, что его программа преобразований фундирована именно на коммунистических позициях. Но, руководствуясь логикой необходимости достижения «социалистического плюрализма», считал, что монополия коммунистической партии тормозит перестройку:

«Ни одно объединение граждан, в том числе коммунистическая партия, не должно пользоваться какими-либо особыми правами. Конституционное закрепление руководящей роли КПСС (ст. 6 Конституции) несовместимо с нормами правового государства. Я считаю, что правящая партия только подрывает свой авторитет, если настаивает на том, чтобы быть единственной» [Из «Обращения А. Н. Алексеева к собранию избирателей по месту жительства. ДК «Пролетарский», Невский район Ленинграда» // Ф. Л-19. Оп. 14. Ед. хр. 3. Д. 15. Л. 5].

Депутатом Алексеев так и не стал, но продолжал бороться за обновление партийных кадров в крупнейших ведомствах и организациях города. И несмотря на то, что он вышел из рядов КПСС в 1990 году, всё же продолжал быть весьма активно включенным в повестку демократических преобразований (в том числе и после распада СССР).